Magalhães possui graduação em Teologia e mestrando em Missiologia. Iniciou seu ministério na Associação Sul de Rondônia, como pastor distrital e, posteriormente, líder do Ministério Pessoal, Escola Sabatina e Evangelismo. Em 2017, foi pastor da Igreja da Casa Publicadora Brasileira, em Tatuí – SP e, no fim do mesmo ano, foi eleito líder do Ministério Pessoal e Escola Sabatina na Associação Paulista Leste, onde também atuou como líder de Mordomia e Saúde até o final de 2019. Desde então, assumiu a liderança de Evangelismo e Mordomia Cristã para toda a região Centro-Oeste.

O pastor Gilson Magalhães é casado com Vânia Repessold Magalhães, pai de Felipe, 17, e Lara Beatriz, 14.